人がチェックするのは漏れがあるので、環境が自分で健康状態をチェックするのがよいと思います。
環境自身が、自分のところのフォルダはこうなっているべき、こういうファイルがこの日付であるべき、
内容はこうあるべきと知っていて、チェックする。
そのために、必須フォルダを定義しないといけません。チェックされなければならないフォルダです。
たとえば、ログやメモみたいなものはオペレーションや思い付きで増えたりするわけで、
環境の動作がそれに左右されては困るし、影響を受けないものなのでチェックも不要です。
スクリプトコードなんかは変更があったら動作に影響するのでチェックしておきましょう、といった具合です。
チェックするフォルダは以下でいきます。
ROOT
├─bootstrap
├─classes
├─definition
│ └─code
└─scripts